Keskustelu Keski-Pohjanmaan aluehallinnon hoitamisesta käynnistyi tosiasiassa jo 2000-luvun alkupuolella, kun hallitus päätti ryhtyä tehostamaan Suomen aluepolitiikkaa. Hankkeen alkuvaihe vietiin läpi suhteellisen matalalla profiililla, ja kansallisen aluepolitiikan uudistamiseen valjastettiin ministeriöiden ohella kaikki maakuntaliitot.
Aluehallinnon uudistamishanke (ALKU) käynnistettiin toden teolla kesällä 2007. Suuri osa maakunnista pääsi itsenäisesti ratkaisuun siitä, miten ja mistä aluehallinnon palvelut haetaan. Keski-Pohjanmaalla oli jo pelin alkuvaiheessa vääntöä asiasta, sillä maakuntakeskus Kokkola toivoi aluehallinnon palvelut Vaasasta ja Seinäjoelta, kun taas Keski-Pohjanmaan liitto oli Oulun kannalla.
Keskipohjalaiset ja pohjalaiset yrittäjät ja kunnallispoliitikot juoksivat erilaisissa kokoonpanoissa eduskunnassa muutaman vuoden ajan. Intressiryhmät esittelivät kilvan erilaisia yhteistyökuvioita, ja toisistaan suuresti poikkeavia perusteluja ja selvityksiä.
Ensimmäinen esitys: suunta on pohjoinen
Joulukuun 2008 alkupuolella Hallinnon ja aluekehityksen ministerityöryhmä HALKE esitti, että Keski-Pohjanmaa järjestäisi jatkossa aluehallintopalvelut yhteistyössä Pohjois-Pohjanmaan kanssa. Hieman myöhemmin Keski-Pohjanmaan suunta hiersi jo kunnolla hallituspuolueiden, lähinnä Keskustan ja RKP:n välejä, ja kommentit olivat kiivaita.
Seuraavana keväänä eduskunnassa käydyissä lähetekeskusteluissa aluejakoja pidettiin epäilyttävinä. Osa kansanedustajista oli sitä mieltä, että tietyillä alueilla valtion aluehallinnon määrittämät rajat sotkivat maakuntien luontaisia yhteistoiminta-alueita. Samoihin aikoihin väläyteltiin ensimmäistä kertaa julkisuudessa mahdollisuutta, jossa Kokkolan kaupunki irtautuisi kokonaan Keski-Pohjanmaan liitosta.
Hallinnon ja aluekehityksen ministerityöryhmä uskoi kuitenkin vielä keväällä 2009 vakaasti, että koko uudistusta jarruttava kiista saataisiin sovittua huhtikuun aikana - toisin kuitenkin kävi.
Kesäkuussa 2009 Halke päätti, että Keski-Pohjanmaan aluehallintopalvelut tulevat pohjoisesta, poliisihallintoa lukuun ottamatta. Tuolloin oli jo tiedossa oikeuskanslerin ja perustuslakivaliokunnan vetoomukset, joiden mukaan keskipohjalaisten kielellisiä oikeuksia ei saa polkea. Viralliset tahot epäilivät kielipalvelujen kattavuutta, jos Kokkola jäisi uuden hallintoalueen ainoaksi kaksikieliseksi kaupungiksi.
Aika uudistuksen jälkeen - poliittista kauppaa ja kampittelua
Valtion hallinnonuudistus lakkautti läänit 1. tammikuuta 2010. Läänien sijasta Suomi jaettiin 15 ELY- keskukseen ja kuuteen aluehallintovirastoon. Tuolloinen hallinto- ja kuntaministeri Mari Kiviniemi päätyi pitkin hampain esitykseen, jonka mukaan Keski-Pohjanmaan aluehallintoa hoidettaisiin määräajan Vaasasta ja Seinäjoelta. Etelän kannattajat saivat siis vuoden lisä-ajan, jo kertaalleen päätettyyn asiaan, jotta kiistaan ehdittäisiin hakea kunnollinen ratkaisu.
Keskustavetoinen hallitus halusi selvittää, voitaisiinko Keski-Pohjanmaa siirtää pysyvästi pohjoisen aluehallintoviranomaisen yhteyteen. Lausuntoa pyydettiin kielityöryhmältä, jonka kanta kuitenkin oli, että kaksikieliset palvelut hoituvat parhaiten etelän suunnasta. Lausuntoa edelsi mittava kielikoe-rumba, sekä etelässä että pohjoisessa.
Keski-Pohjanmaan kiistassa on käytännössä kyse kahden eri ministerin alaisista virastoista. Aluevirastot eli AVIt kuuluvat hallinto- ja kuntaministeri Tapani Töllille, ja ELY-keskukset elinkeinoministeri Mauri Pekkariselle. Asiaan aikoo todennäköisesti ottaa kantaa myös pääministeri Mari Kiviniemi. Lopullinen hallinnollinen päätös asiasta tehtäneen syyskuun lopussa.