Vuonna 2000 Halonen nimitti Suomen Pankin johtokuntaan Sinikka Salon. Eduskunnan pankkivaltuutetut hakivat tuolloin kahta johtajaa ja heidän ehdokkaansa olivat alivaltiosihteeri Johnny Åkerholm ja Mauri Pekkarinen (kesk.).
Esittelystä vastannut toinen valtiovarainministeri Suvi-Anne Siimes (vas.) olisi halunnut Pekkarisen sijasta tehtävään Anne Brunilan, joka oli silloin töissä Suomen Pankissa. Hallitus pysyi valtuutettujen esityksen takana, joskin Pekkarisesta äänestettiin.
Vuotta myöhemmin Halonen nimitti Suomen Pankin johtokuntaan pankinjohtaja Pentti Hakkaraisen. Hallitus esitti tehtävään Ilkka Kanervaa (kok.) ja Eskoa Ahoa (kesk.). Nimityksen esitellyt Siimes esitti Hakkaraista. Siimestä tukivat vihreät ministerit.
Hakkaraisen nimittäessään Halonen perusteli ratkaisuaan sillä, että hallitukselta ei ollut tullut yksimielistä esitystä.
- Olen koittanut pitää keskeisenä periaatteena sitä, mitä Suomen Pankki tarvitsee, enkä niinkään sitä, kuka tai ketkä tarvitsevat Suomen Pankkia, Halonen sanoi myös.
Vuonna 2008 presidentti nimitti Ritva Viljasen jatkokaudelle sisäministeriön kansliapäälliköksi. Sisäministeri Anne Holmlund (kok.) esitti tehtävään EU:n rajaturvallisuusviraston pääjohtajaa Ilkka Laitista. Koko hallitus oli Holmlundin esityksen takana.